世界を絶望で満たそうとする存在が生まれた。闇の帝王ダークデザイア。
ダークデザイアは『希望の都』を侵略し、
聖なる力の源である七つの宝石ホーリージュエルを奪っていった。

闇の力に侵食され、絶望で覆い尽くされていく『希望の都』。
このままでは『希望の都』は『絶望の都』に変えられ、
人々の希望を叶える力までも失ってしまう。
人が叶えられるのは絶望だけ。世界は絶望で満たされる。

女王クイーンレインボーは自らを封印と化して、
聖なる力で抑えつけることでダークデザイアを『希望の都』から動けなくする。
そして、最後に残ったホーリージュエルを妖精シルキーに託して、人間界に脱出させた。

妖精シルキーを追いかけるダークデザイアの配下。
闇のエネルギーを操る悪の妖精四天王。
彼らが産み出す怪人ジャドウ。
「青空 未来」は、妖精シルキーと運命的な出会いを果たし、
聖なる力を持つ乙女「セイントフェアリー」に変身する能力を与えられる。

ホーリージュエルを守るため、希望の都を取り戻すため、
そして、世界を絶望の危機から救うため、
セイントフェアリーは今日も戦うのだ。

人間だった頃に未来を犯していたら、これほどの破瓜は楽しめなかったに違いない。

「ねえ、セイントフェアリーはどうする？」
「どうするとは？」
「だからぁ……うふふ、分かってるんでしょ……もうあいつは私たちの敵になったの……あなたは人間じゃないんだから」
「そうだな」
セイントフェアリーは俺の敵だ。それをごく自然に受け入れる。
「どうしたい？　あなたの幼馴染みで、元はパートナーで、今は一人ぼっちで戦ってるセイントフェアリー」