これは、運命に抗う少女たちの物語──。
のちに『大戦』と呼ばれる“ソラハ王国”と“帝国”の長きにわたる戦争。

禁呪を用いて魔物を召喚し、未知の戦力で圧倒する帝国に対し、
武力と知恵を駆使して辛くも勝利を収めたソラハ王国。

終戦後、ほどなくして皇帝が逝去し、帝国はそのまま静かに歴史の中から姿を消した。

かろうじて生き残った帝国出身の孤○たちは慈悲深いソラハの神父「ロン」に引き取られ、 「群青」と呼ばれる孤○院にて保護されることとなる。

​​それから20余年。

孤○たちは“LOSER”と揶揄され多くの差別を受けながら
ソラハの片隅で貧しくもひっそりと生活していた。

そんなある日、みんなに内緒で<帝国の遺産>を探す孤○のニイナは
未開の洞窟で、戦争の生き残りとされる“魔物”と遭遇する。

​ときを同じくして巻き起こる数々の事件が
次第に彼女たちの日常を蝕んでいく……。

​“繰り返される時”の中で、掴み取るのは希望か絶望か。
『群青の孤○院』を取り巻く“運命に抗う物語”が今まさに、始まろうとしていた。